Après que Fernando ait quitté la cellule, Michael se retrouve avec Haywire, un psychopathe dont il cherche à se débarrasser pour pouvoir continuer à creuser et préserver son secret concernant les tatouages...
Kellerman et Hale viennent faire chanter le directeur Pope pour accélérer le transfert de Michael qui est prévu le lendemain. Le jeune homme essaye quant à lui de trouver quelle rue devra être traversée le soir de l'évasion..
Apprenant que Michael a besoin de temps pour traverser un mur, Fernando lui suggère de couper l'air conditionnée afin d'exciter les détenus et de créer une émeute. Mais le confinement de cellule ne semble pas arrêter la foule qui devient enragée, la prison devient alors un véritable zoo où le Dr Trancredi et Lincoln sont en danger...
L'émeute devient de plus en plus forte et les détenus ont a présent deux otages: un gardien et le Dr Tancredi. La sachant en difficulté, Michael part la secourir pendant que Fernando et Abruzzi essayent toujours de casser le mur...
Pour s'évader, Michael et les autres détenus doivent avoir accès à une ancienne réserve et y creuser un autre trou mais T-Bag représente une menace puisqu'il connaît désormais le secret de la bande et veut à tout prix entrer dans le clan... Parallèlement, LJ, le fils de Lincoln, fait la connaissance des agents Kellerman et Hale qui s'en prennent également à Veronica et Nick...